以前，我们只关心细胞是死是活。现在，研究者的兴趣已不再局限于此，大家更关心细胞到底是怎么死的，哪条通路受到了影响，观察到的是凋亡的哪个阶段，甚至如何阻止它。
既然凋亡是一个相当复杂的信号级联，那么我们就有很多机会来评估参与其中的蛋白活性。随着凋亡相关蛋白的不断发现，我们也有了越来越多的检测对象。然而，凋亡和坏死的许多特征相互重叠，即使是福尔摩斯也难以分辨，因此有必要采用两种或更多不同的方法来验证细胞的死亡方式。一种检测早期凋亡事件，而另一种则瞄准晚期事件。多重分析现在也变得越来越普及，它能从同一个样品中获得两组或以上的数据。虽然可供选择的方法很多，但没有一种是放之四海而皆准的，每一种都有优点和缺点。因此，在选择凋亡检测方法时，了解每种分析的优缺点很关键。
了解每个模式系统中细胞死亡的动力学同样很关键。某些蛋白，如caspase，表达的时间很短暂。正在经历凋亡的体外培养细胞，*终也必然会经历坏死。而且凋亡细胞会很快地死亡并消失。凋亡从开始到结束一共才2-3小时。因此，如果分析得太早或太晚，就难免出现假阴性。此外，凋亡可能以很低的频率出现，或只是出现在器官、组织中的特定位点。在这种情况下，快速地通览全局就很有用。总的来说，如果你需要细胞死亡机制的详细信息，那么毒素暴露的时间、待测化合物的浓度以及分析终点的选择就变得很重要。
