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公司新闻

传统基因库将能够转变为生物数字资源中心

阅读次数:1067    发布时间:2019/7/22 13:30:59

       植物生物多样性的保护是大约1,750个基因库的任务,这些基因库分布在世界各地。到目前为止,他们存储的植物样本,有时还有其他表型或遗传信息,总共约有7,400万种植物物种。预计随着对改进的,更快的和更便宜的测序和其他组学技术的便利访问,需要与生物材料一起存储的良好表征的种质数量和详细信息量将快速且连续地增长。来自位于Gatersleben的莱布尼茨植物遗传与作物植物研究所(IPK)的科学家小组现在通过发表一份观点文件展望未来基因库的挑战和可能性。自然遗传学。
 
       位于Gatersleben的莱布尼茨植物遗传与作物植物研究所(IPK)的基因库目前拥有世界上*全面的作物植物及其野生近缘种的收集品,共收集了来自2,933种和776属的151,002份种质。大多数植物种质样品在-18℃下作为干燥种子储存,而无性繁殖的种质在田间(非原位)永jiu培养或在-196℃保存在液氮中。IPK基因库的在线门户允许用户查看和筛选存储的植物种质及其相应的“护照数据”,以及以非商业规模请求植物材料。博士撰写的一篇新的观点文章
 
      科学家们确定了需要关注的基因库面临的三大挑战。其中两个是由管理数以万计的种子批次的基本要求引起的,即追踪种质的身份,以及避免基因库内和基因库之间不必要的重复的需要。第三个挑战是保持种质的遗传完整性,这是由于使用非原生境保存的固有缺点,例如储存和再生中的差异存活,漂移和遗传侵蚀。
 
        然而,作者提出,在应对这些挑战时,针对基因库的更强基因组驱动方法可能会有所帮助。例如,传统上,基因库材料的“护照数据”描述了种质的分类和来源。通过添加单核苷酸多态性(SNP)作为加入的特征,这种基因型信息可以作为分子护照数据,以补充和纠正传统的护照记录,并协助清理和预防重复,提高质量和完整性的收藏品。
 
         通过实现植物科学中生物信息学和大数据分析的转变,专注于保存种质资源的传统基因库将能够转变为生物数字资源中心,将植物材料的储存和价值与其相结合。基因组和分子表征。
 
         目前基因库的资助情景尚不允许在基因库中为每个提交的植物样本系统地生成分子护照数据。然而,已经采取了进入整个集合的高通量基因分型方向的步。这是由IPK领导的一个研究联盟展示的,该联盟通过基因分型测序,在分子水平上对22,000多个大麦品种进行了世界收集。该透shi文件的一些作者也参与了这个案例研究,并因此创建了网络信息门户网zhanBRIDGE。BRIDGE,简称“生物多样性信息学,以弥合基因组信息与基因库中遗传多样性的受教育利用之间的差距”,
 
         虽然BRIDGE已经为将Gaterslebener Gene Bank发展成为“一站式促进作物生物多样性的促进和知情利用”铺平了道路,但DivSeek等组织等合作正在建立支持基因库的框架,工厂全球的育种者和研究人员更有效地处理和动员植物遗传多样性,从而开始弥合生物信息学家,遗传学家和基因库策展人之间的差距。因此,全球生物数字资源中心网络,自由共享数据,从而有助于促进植物科学和植物育种的研究进展,可能在不久的将来成为现实。
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