肝脏是人体和*多才多艺的器官。它将食物中的糖、蛋白质和脂肪转化为对身体有益的物质,并将它们释放到细胞中。除了在代谢中的作用,肝脏也是一个免疫器官,血液解毒少不了它。*引人注目的是,肝脏是一个“残血”只剩25%,也能原地复活到完整尺寸的内脏器官。
然而,肝病是世界上的健康问题,也是导致死亡的主要原因。脂肪性肝病、肝癌或肝炎……不用说身为肝病大国的我国,肝病对全人类健康也是一个巨大的挑战。直到今天,我们对健康组织和患病组织内单个肝细胞类型的多样性以及相关分子和细胞过程的研究仍不充分。
马克斯普朗克免疫生物学和表观遗传学研究所的科学家和斯特拉斯堡大学的同事们在《Nature》杂志上发布了张人类肝脏综合细胞图谱。
利用单细胞RNA测序,马克斯普朗克的Dominic Grün研究员领导的研究团队与Baumert实验室合作,成功地绘制了健康人体肝脏细胞群的详细图谱。
对来自9个人类供体的10000个细胞进行分析,细胞图谱绘制了所有重要的肝细胞类型:包括肝细胞、肝的主要代谢细胞、血管内皮细胞、肝内巨噬细胞和其他免疫细胞类型以及胆管上皮细胞和肝上皮祖细胞。有了这些数据,能前所未有的分辨率捕捉细胞类型和细胞状态的多样性,并了解它们在发育过程中或疾病进展过程中是如何变化的。
细胞指纹
研究人员发现,过去所谓的同一细胞类型的单个细胞实际上具有惊人的多样性。他们发现了肝细胞、内皮细胞和巨噬细胞的新亚型,这些亚型虽然在形态上几乎没有不同,但具有离散的基因表达谱。通过实验和计算的单细胞分析方法让科学家们能够以高分辨率检测细胞。
在单细胞RNA测序中,将要研究的器官组织分离成单独的细胞,然后分离这些细胞并分别测序。测序可以确定细胞中每个基因的信使RNA分子(mRNA)的数量。“信使RNA将储存在DNA中的蓝图送达蛋白质工厂。通过测量在某个时间点细胞中存在哪些RNA分子,我们可以确定哪些基因是活跃的。这实际上是一种指纹,让我们对每个细胞的本质有了全面的了解,使我们能够了解细胞的功能、如何调节以及疾病发生时会发生什么,”Dominic Grün解释说。
以这种方式获得的数据不仅非常广泛,而且非常复杂,数千个细胞中数千个基因的RNA分子必须同时被量化和解释。近年来,Dominic Grün开发了描述不同细胞类型,并了解它们发育路径的定制算法。